CD Genomics: Aplikasi NGS untuk Amplikon CRISPR

Sebagai penyedia layanan Next-generation sequencing (NGS) terkemuka, CD Genomics sekarang dengan bangga menerapkan aplikasi untuk teknologi NGS ke beberapa bidang penelitian dan aplikasi yang baru muncul. Tujuaannya, untuk memenuhi penelitian yang interdisipliner. CD Genomics memiliki tim yang berdedikasi terdiri dari personel dengan pengalaman penelitian yang luas. Antara lain  dalam genomik, biologi kanker, mikrobiologi, penemuan antibodi, dan pengeditan genom. Anda dapat memperoleh dukungan dari ilmuwan tingkat PhD kami yang ahli di bidang yang Anda tekuni. Sehingga Anda dapat berkomunikasi secara proaktif dan memecahkan masalah kesulitan teknis.

Dengan keunggulan efektivitas biaya, kecepatan pengurutan yang belum pernah terjadi sebelumnya, resolusi dan akurasi ultra-tinggi, pengurutan generasi berikutnya (NGS) sedang dimanfaatkan oleh para peneliti untuk mengatasi berbagai masalah biologis yang semakin beragam. Teknologi NGS telah di implementasikan dalam berbagai aplikasi, yang telah mempercepat penelitian dan penemuan biologi dan biomedis. Baru-baru ini, seiring munculnya penelitian biologi baru dan bidang aplikasi, seperti pengeditan genom dan inisiatif pengobatan presisi. NGS telah mengungkapkan peluang yang lebih ambisius dalam memberikan wawasan. Sehingga para [eneliti dapat lebih dalam mengetahui tentang implikasi biologis dalam ilmu dasar serta di bidang penelitian translasi.

Salah satu teknologi NGS milik CD Genomics terintegrasi ke dalam aplikasi Validasi Knockout CRISPR-Cas9 dan Deteksi di Luar Target.
CD Genomics menyediakan validasi knockout CRISPR-Cas9 dan potensi deteksi di luar target dengan throughput tinggi. Juga kelebihannya hemat biaya karena memanfaatkan teknologi NGS yang canggih. Tim riset CD Genomics memiliki pengalaman dalam pengeditan genom dan NGS, memungkinkan dukungan ekstensif untuk penelitian Anda.

Apa itu sistem CRISPR-Cas9?

Sistem penargetan gen CRISPR-Cas9, yang membutuhkan dua komponen. Antara lain: RNA panduan khusus (sgRNA, terdiri dari urutan crRNA spesifik target dan tracrRNA) dan endonuklease terkait CRISPR non-spesifik (Cas9). Merupakan alat rekayasa genom baru yang memungkinkan peneliti untuk mengedit bagian dari genom dengan menghapus, menambahkan atau mengubah bagian dari urutan DNA dalam organisme. Saat ini merupakan metode manipulasi genetik yang paling sederhana, paling serbaguna, tepat dan efektif yang memiliki banyak aplikasi potensial termasuk obat-obatan dan peningkatan benih tanaman. CRISPR-Cas9 juga  memungkinkan pengeditan genom throughput tinggi dan telah merevolusi generasi mutasi yang sesuai targetnya.

Pengantar untuk Aplikasi NGS CRISPR

Memvalidasi hasil editing sangat penting dalam proses eksperimen CRISPR. Next-generation sequencing (NGS) adalah metode yang mudah dan throughput tinggi untuk memeriksa mutasi yang ses karena mutasi di luar target dan tidak dapat terjadi pengeditan pada gen target. Pengurutan amplikon CRISPR telah menjadi teknik validasi standar untuk akademisi, klinik, dan industri. Skrining CRISPR throughput tinggi didasarkan pada prinsip pengurutan amplikon yang ditargetkan dengan melakukan eksperimen PCR menggunakan primer yang mengapit wilayah target. Pengurutan amplikon yang ditargetkan adalah metode yang paling sensitif untuk memeriksa mutasi dan frekuensi deteksi serendah 0,01%.

Untuk mengatasi kebutuhan peneliti, khususnya dalam genom editing, CD Genomics telah mengembangkan strategi yang terjangkau, andal, dan throughput tinggi. Bertujuan untuk menyaring dan memvalidasi mutasi berbasis CRISPR-Cas9 dengan memanfaatkan NGS berbasis amplikon. Layanan pengurutan generasi berikutnya CRISPR kami dapat memberi Anda informasi langsung dan terperinci tentang sifat dan keragaman mutasi. Termasuk konfirmasi alel knockout/knockin, penilaian efisiensi pemotongan sgRNA, identifikasi homozigot dan heterozigot, perhitungan frekuensi mutasi dll.

Alur Kerja NGS CRISPR

Tim ahli CD Genomics yang sangat berpengalaman menjalankan manajemen kualitas. Mengikuti setiap prosedur untuk memastikan hasil yang komprehensif dan akurat. Alur kerja pengurutan mutasi CRISPR CD Genomics ini akan Biosm uraikan di bawah ini, termasuk isolasi DNA, eksperimen PCR, pengurutan mendalam (deep sequencing), dan analisis data. Urutan mutasi CRISPR dari CD Genomics memungkinkan penelitian untuk memvalidasi pustaka panduan, memvalidasi target CRISPR/Cas9 dan efisiensi mutasi, serta menemukan situs target yang paling menjanjikan.

CRISPR
Gambar 1. Alur kerja pengurutan amplikon CRISPR kami.

Spesifikasi Layanan

Persyaratan dan persiapan sampel

  • Jenis sampel: sampel sel atau DNA setelah manipulasi pengeditan gen CRISPR-Cas
  • Sampel DNA: ~1 g (konsentrasi 30 ng/μl; OD260/280=1,8~2.0)
  • Sel sampel: 1 × 10 6 sel atau 10 cm 2 kultur sel
  • Prosedur persiapan sampel meliputi isolasi DNA, pemurnian, kuantifikasi, QC, dll

Urutan lebih dalam (Deep Sequencing)

  • Platform Illumina HiSeq, dipasangkan-end 150 bp atau 300 bp; Platform SMRT PacBio
  • Kedalaman pengurutan: 1000x
  • Analisis metrik kualitas pengurutan

Analisis Bioinformatika

  • QC data mentah
  • Penyelarasan referensi
  • Validasi perpustakaan CRISPR
  • Analisis lokasi target
  • Analisis lokasi di luar target yang diprediksi

Beberapa Keuntungan NGS CRISPR CD Genomics

  • Fleksibilitas multiplexing yang luas dan pengurutan throughput tinggi, hingga 10 4 sampel per proses
  • Urutan amplikon yang sangat dalam atau daerah yang tertangkap lebih dari cakupan 1000X
  • Tingkat deteksi yang hemat biaya, dan sangat sensitif tanpa bias
  • Tidak perlu langkah kloning yang melelahkan dan memakan waktu
  • Dukungan khusus dari ilmuwan tingkat PhD khusus

CD Genomics dapat membantu Anda mendeteksi potensi efek di luar target melalui pengayaan target dan pengurutan mendalam dengan harga yang cukup murah, Sehingga CD Genomics dapat mengurutkan ratusan sampel secara bersamaan. Pola distribusi InDel akan dianalisis dan mutasi dapat dikonfirmasi dengan alat CRISPResso. Jika Anda memiliki persyaratan atau pertanyaan tambahan, jangan ragu untuk menghubungi Biosm Indonesia. * Untuk Penggunaan Penelitian Saja. Tidak untuk digunakan dalam prosedur diagnostik.


PT Biosains Medika Indonesia dapat memfasilitasi diskusi lebih lanjut mengenai Produk Diteksi COVID-19, Anda dapat melakukan diskusi dan penelitian lebih lanjut bersama kami dengan menghubungi kontak: Biosm Indonesia (+62 817 9154 607/info@biosm-indonesia.com/marketing@biosm-indonesia)

Baca juga: 

  1. Metode Baru dalam Pengobatan selain Transplantasi Sel Punca
  2. Teknik Memisahkan Campuran yang Mengandung DNA, RNA, dan Protein
  3. EBV DNA Sebagai Biomaker Diagnosis Kanker NasoFaring (KNF)
  4. Mengapa Plaster Biru di Gunakan Pada Industri Katering?

Sumber:

  1. https://www.cd-genomics.com/NGS-Applications.html
  2. https://www.cd-genomics.com/CRISPR-Mutation-Sequencing.html

Tinggalkan Balasan